Матрица: Перезагрузка

После осознания своей сущности Нео становится ключевой фигурой сопротивления в Матрице. Несмотря на то, что повстанцы теперь не подвержены воздействию агентов, им угрожает серьезная опасность в реальном мире. Главный город людей — подземный Зион — оказывается под угрозой уничтожения. Искусственный интеллект получил доступ к координатам поселения, и механические спруты начали разрушать планету, чтобы искоренить человечество. Морфеус уверен, что городу не нужно защищать себя, так как оракул скоро раскроет Нео детали нового пророчества. Нео отправляется к Пифии, которая сообщает ему о Главном компьютере Матрицы — сервере, завладев которым люди могут изменить ход войны.

Сервер тщательно скрыт, и лишь один человек знает, как к нему добраться. Это таинственный Ключник, заключенный в тюрьме программы под именем Моровинген. В это время в Матрице вновь появляется агент Смит, который после сражения с Нео приобрел новые способности. Теперь он стал свободной программой-вирусом, способным к бесконечному самокопированию. Смит проникает в реальный мир, клонировав себя в тело одного из повстанцев. Позже Нео, Морфеус и Тринити, а также их команда, приходят к Моровингену, но Ключника приходится освобождать силой. Старик успевает передать Нео необходимый ключ, но погибает от рук агента Смита.

Нео проникает в Главный компьютер, который также является ядром Матрицы. Внутри он обнаруживает Архитектора системы. Архитектор раскрывает Нео, что все, во что люди верили, было иллюзией. Ложь, созданная машинами, служила для поддержания баланса между Матрицей и реальным миром. Пророчества не существует, а Избранный был добавлен в Матрицу для того, чтобы после очередного уничтожения Зиона отбирать выживших и перезапускать систему. Во время беседы Нео узнает о гибели Тринити от руки агента. Архитектор ставит перед Нео ультиматум: либо он следует программному алгоритму и перезагружает систему, спасая человечество, либо он спасает свою возлюбленную, но человечество погибнет. Нео выбирает Тринити и возвращает ее к жизни, но в реальном мире армия людей терпит поражение.

На корабле Нео раскрывает Морфеусу истинную природу Матрицы, что приводит капитана «Навохудоносора» в состояние глубокого уныния. Команда корабля спасает единственного выжившего — бойца, в которого вселился агент Смит. Нео обнаруживает, что в реальном мире он обладает сверхспособностями.