Призрак в доспехах

В 2029 году технологии достигли невероятного прогресса. Человеческое тело стало возможным дополнить или заменить кибернетическими компонентами. Особенно востребованным оказался кибернетический мозг — оболочка, обеспечивающая доступ к Интернету. Сознание, заключенное в этой оболочке, стали называть призраком.

Сюжет разворачивается вокруг майора Мотоко Кусанаги, наполовину человека, наполовину киборга. Она служит командиром штурмовой группы девятого отдела полиции Японии. По просьбе начальника шестого отдела, Накамуры, Мотоко убивает дипломата иностранного государства, чтобы помешать побегу талантливого программиста.

Подозревая, что за преступлением стоит таинственный хакер Кукловод, группа начинает отслеживать звонки, через которые был распространен вирус. После продолжительной погони они захватывают мусорщика и бандита, но те оказываются лишь взломанными людьми, ничего не знающими о Кукловоде. Их память была стерта.

Компания Megatech Body, известная своими призраками и возможными связями с правительством, подвергается взлому. Из нее сбегает призрак, который попадает под грузовик. Группа девятого отдела находит внутри призрака человека. Накамура появляется, чтобы забрать оболочку и утверждает, что это сам Кукловод. Однако оболочка заявляет, что она разумное существо, и просит убежища. В ходе спора Кукловод заявляет, что человек, скрывающийся под оболочкой, является замаскированным агентом. Агент совершает диверсию и крадет оболочку.

Группа Кусанаги бросается в погоню. Тем временем девятый отдел исследует «Проект 2501», который ранее упоминал Кукловод. Дайсуке Арамаки приходит к выводу, что шестой отдел создал Кукловода для политических целей и теперь хочет вернуть его тело.

Кусанаги преследует машину с снарядом к заброшенному зданию, охраняемому танком. Она решает встретиться с призраком Кукловода и вступает в бой. Ее оболочка разрушается, но напарник Бато спасает ее и помогает соединить мозг Кусанаги с мозгом Кукловода.

Кукловод объясняет, что он был создан в рамках шестого отдела. Блуждая по сети, он обрел разум и начал задумываться о своем существовании. Он решил, что суть жизни — в размножении и смерти, и хочет существовать в физическом мозге, который однажды умрет. Понимая, что не может сбежать из сети шестого отдела, он загрузил себя в кибернетическое тело. Кукловод предлагает объединить их призраков.

Снайперы шестого отдела приближаются к зданию, намереваясь уничтожить мозги Кукловода и Кусанаги. Бато успевает прикрыть голову Кусанаги, спасшая ее мозг. Когда девятый отдел приближается, снайперы отступают.

Проснувшись в конспиративной квартире Бато, Мотоко оказывается в оболочке размером с детскую. Она сообщает Бато, что существо внутри нее — не Мотоко и не Кукловод, а их комбинация. Она обещает, что они еще встретятся.